Microscopia pentru screening de mare capacitate (high-throughput screening) combină imagistica fluorescentă widefield automatizată cu achiziția rapidă și reproductibilă a imaginilor și analiza cantitativă a acestora, permițând realizarea experimentelor biologice la scară largă. Aceste sisteme sunt ideale pentru screening high-content și fenotipic, descoperirea de medicamente, studii time-lapse și imagistica automatizată a plăcilor multiwell, culturilor celulare, embrionilor și organismelor model de mici dimensiuni.